Polonia Warszawa powstała jesienią 1911 r. z połączenia kilku szkolnych warszawskich drużyn. Pomysłodawcą założenia klubu był kapitan Wacław Denhoff-Czarnocki, który wymyślił nazwę klubu.

Na początku zawodnicy grali w strojach w biało-czarne pasy, a czarne koszulki założyli dopiero na wiosnę 1912 roku. Pierwszym herbem klubu była biało-czerwona tarcza, którą piłkarze przypinali za pomocą agrafek.

W 1915 roku Polonia Warszawa przekształciła się w klub sportowy. W latach 1921-1926 sześciokrotnie Polonia zdobywała mistrzostwo Warszawy.

W 1946 r., grając w zrujnowanej Warszawie, Czarne Koszule zdobyły pierwszy tytuł mistrzowski a jednocześnie pierwsze mistrzostwo dla Warszawy w ogóle. Mecz finałowy zagrały na stadionie Wojska Polskiego przy Łazienkowskiej. Pokonały wówczas 3:2 AKS Chorzów.

Po licznych latach bez spektakularnych sukcesów w sezonie 1995/96 Polonia, razem z Wisłą Kraków, awansowała do Ekstraklasy (ówczesnej I ligi). Na Konwiktorskiej pojawił się Janusz Romanowski, który właśnie wycofał się ze sponsorowania Legii, zakładając spółkę KPP Polonia Warszawa.

Od tej pory do sezonu sezonu 2005/06 Polonia grała w ekstraklasie. W 1998 r. zdobyła wicemistrzostwo Polski, zaś w 1999 dotarła do półfinału Pucharu Intertoto.

Do sezonu 1999/2000 Polonia nie przystępowała jako faworyt. Pod koniec rundy jesiennej po raz pierwszy w historii Czarne Koszule zostały liderem Ekstraklasy. Oficjalne mistrzostwo Polonia zapewniła sobie pokonując na Łazienkowskiej Legię Warszawa 3:0. Wcześniej zdobyła Puchar Ligi, zwyciężając na "neutralnym" stadionie Wojska Polskiego Legię 2:1. W lipcu Czarne Koszule potwierdziły swoje panowanie w polskiej piłce, zdobywając Superpuchar po zwycięstwie nad zdobywcą Pucharu Polski Amicą Wronki 4:2.

Przez kolejne lata Polonia osiągała coraz gorsze wyniki. Nowym właścicielem klubu została firma J.W. Construction Józefa Wojciechowskiego. Wkrótce klub spadł do drugiej ligi.

11 lipca 2008 roku w Warszawie doszło do połączenia Polonii z Groclinem Dyskobolią Grodzisk Wielkopolski. W wyniku fuzji "Czarne Koszule" uzyskały możliwość zajęcia miejsca Groclinu w ekstraklasie w sezonie 2008/09 i w krajowej elicie grają do dziś.

Zobacz historię występów Polonii Warszawa w ekstraklasie.

Dane historyczne:
Debiut w lidze:	1927
Ilość sezonów w ekstraklasie:	29
Najwyższe zwycięstwo w lidze:	29 kwietnia 1928 ze Śląskiem Świętochłowice (8:0)
Najwyższa porażka:	z Cracovią Kraków w lipcu 1917 (1:10)
Najlepszy reprezentant:	Emmanuel Olisadebe
Królowie strzelców:	1998 - Arkadiusz Bąk - 14 goli 2007 - Jacek Kosmalski - 19 bramek (2. liga)

Legenda Klubu	Władysław Szczepaniak
Data urodzenia:	19.05.1910
Miejsce urodzenia:	Warszawa
Pozycja:	napastnik, pomocnik, obrońca

Władysław Szczpaniak to rodowity Warszawiak, który z Polonią związał całą swoją karierę piłkarską. Początkowo występował na pozycji napastnika, by z czasem zostać przesunięty do pomocy a ostatecznie stać się filarem defensywy "Czarnych Koszul" i kapitanem drużyny.

W 1930 roku zadebiutował w reprezentacji Polski w meczu ze Szwecją. W całej swojej karierze biało-czerwony trykot zakładał 34 razy. Pełnił funkcją kapitana w pamiętnym meczu z Brazylią na MŚ 1938. Polacy po dogrywce ulegli Canarinhos 5:6.

W 1946 roku świętował z "Czarnymi Koszulami" pierwsze mistrzostwo Polski w historii klubu. W barwach Polonii rozegrał 172 spotkania.